主要组织相容性复合体( major histocompatibility complex，MHC) 是所有编码生物相容复合体抗原的基因群一种统称，表示可以进行MHC 基因家族（MHC classⅠ,class Ⅱ,class Ⅲ）编码而成分子，即MHA，的基因。MHA位于细胞表面，主要功能是绑定由病原体衍生的肽链，在细胞表面显示出病原体，以便于T-细胞的识别并执行一系列免疫功能（例如杀死已被病菌感染的细胞，激活巨噬细胞杀死体细胞内细菌，激活B细胞产生抗体等）。编码MHA(major histocompatibility)的基因是分布于染色体上特定区域的一组紧密联锁的基因群，即MHC。不同种类哺乳动物MHC基因的编码产物的名称各异。人类的MHC通常被称为HLA (human leucocyte antigen，HLA)， 即人类白细胞抗原。MHC基因（MHC gene），定位于人类第六号染色体短臂，呈高度多态性。其编码的分子表达于不同细胞表面，参与抗原提呈，制约细胞间相互识别及诱导免疫应答。小鼠的MHC称为H-2复合体。在哺乳动物不同个体间进行皮肤移植时出现的排斥反应，具有记忆性、特异性和可转移性等免疫反应的基本特征，故从20世纪40年代起就确认移植排斥反应是一种典型的免疫现象。引起排斥反应的抗原称移植抗原（transplantation antigen）或组织相容性抗原（histocompatibility antigen）。此等抗原存在于细胞表面，无器官特异性，不同个体间其抗原特异性互不相同，但同卵双生及纯系动物不同个体之间，其抗原特异性完全一致。组织相容性抗原包括多种复杂的抗原系统。凡能引起快而强的排斥反应者称为主要组织相容性抗原系统，引起慢而弱的排斥反应者称为次要组织相容性抗原系统。若供者、受者双方的多个次要组织相容性抗原不匹配，同样会迅速发生明显的排斥反应。现已证明，MHC不仅控制着同种移植排斥反应，更重要的是与机体免疫应答、免疫调节及某些病理状态的产生均密切相关。因此，MHC的完整概念是指脊椎动物某一染色体上编码主要组织相容性抗原、控制细胞间相互识别、调节免疫应答的一组紧密连锁基因群。
MHC参与的抗原递呈，近年来，对抗原识别的研究，一直是免疫学的热点，特别是对抗原加工和递呈的研究。目前已初步揭开了免疫应答中抗原信息产生和传导的秘密，即抗原的加工和递呈受控于主要组织相容性复合体系统。尽管关于MHC分子的很多细节尚有待深入研究，但目前已明确：MHC产物行使着将抗原递呈给T细胞的重要作用。抗原的加工和递呈有两条不同的途径：一是内源性抗原途径，抗原在内质网(ER)和高尔基器内加工并与MHC-Ⅰ类分子结合后，被递呈到细胞表面，加工后的抗原能被CD8 T细胞识别；二是外源抗原途径，抗原在内吞体被加工降解，并与MHC-Ⅱ类分子结合后，转运到细胞表面，它可被CD4 T细胞识别。MHC分子的抗原递呈功能是免疫应答和免疫调节的关键，因为MHC分子是免疫细胞间沟通信息，相互协作的基础。从分子水平研究MHC结构和功能，对揭示抗原递呈的复杂机理有重要意义。
MHC分子在内质网产生并装配，特异性地与加工后的抗原肽结合、保护、运输、递呈抗原肽。MHC分子主要分为两类，即MHC-Ⅰ类分子和MHC-Ⅱ类分子，这两类MHC分子的结构及在抗原递呈中的作用存在一定的差异。
Rudensky等证实：MHC-Ⅰ类分子的肽结合槽两个末端是关闭的，其中一端有一个恒定的酪氨酸闭合，另一端有一个恒定的盐桥。而MHC-Ⅱ类分子的一个末端是关闭的，即有一个盐桥，另一端即没有潜在的盐桥，也没有恒定的酪氨酸，而有许多侧链。也有报道MHC-Ⅱ类分子的肽结合 槽两端均是打开的。因此，较长的肽可以优先被MHC-Ⅱ类分子递呈。一些研究表明未折叠肽能够被MHC-Ⅱ类分子递呈而不需要进一步加工，因为这些线带样的蛋白质可能适合于两端打开的MHC-Ⅱ类分子的槽。事实说明：MHC分子与抗原多肽形成复合物的特殊构型是T细胞激活的必要条件。
外源性抗原被APC摄取通过溶酶体降解成肽段，与MHCII类分子结合成复合物提成给CD4 TH细胞识别，（内源性抗原与MHCI结合题呈给CD8 TH细胞识别）。TCR识别APC表面的肽-MHC复合物经CD3向胞内传递特异性识别信号LFA-1与ICAM亲和力增强T细胞共受体CD4CD8参与抗原识别增强T细胞对抗原刺激敏感性诱导T细胞增殖分化引发细胞免疫.致敏T细胞的直接杀伤作用。当致敏T细胞与带有相应抗原的靶细胞再次接触时，两者发生特异性结合，产生刺激作用，使靶细胞膜通透性发生改变，引起靶细胞内渗透压改变，靶细胞肿胀、溶解以致死亡。还有些Th细胞有些分泌淋巴因子。